O Museu de História Natural do Departamento do Zoológico (SMMA/PMC) abriga as coleções científicas zoológicas mais representativas do Estado do Paraná. Tem suas raízes no antigo Museu Paranaense que, fundado em 1876, é o terceiro museu mais antigo do Brasil no gênero. O Museu de História Natural - Capão da Imbuia é dividido em dois setores: um setor de pesquisa, que tem por função o desenvolvimento de trabalhos científicos, abrigando coleções de: Aves, Répteis, Mamíferos, Peixes, Anfíbios e Invertebrados, e destina-se a pesquisadores e o setor expositivo aberto ao público em geral, responsável pelo atendimento à grupos escolares, escoteiros e professores através de visita orientada às exposições. Oferece empréstimo de livros e kits didáticos a escolas. Não sendo permitido a entrada de qualquer animal no seu interior.
Rua Professor Benedito Conceição, 407 - esquina com Rua Nivaldo Braga